1998년 플루고이아니아 에스포르치 클럽이라는 이름으로 창단되었으며, 2008년에 현재의 이름으로 변경되었다. 현재 브라질 주 축구 리그인 캄페오나투 브라질레루 세리에 D에 참가하고 있다.
플루고이아니아 U23는 2018년에 세리에 D에서 우승했으며, 2019년에 세리에 C에서 3위를 차지했다. 또한 2020년에 코파 두 노르데스테에서 준우승을 차지했다.
플루고이아니아 U23의 홈 경기장은 에스타디오 에르나니 라마로스이다. 에스타디오 에르나니 라마로스는 2000년에 개장했으며, 수용 인원은 22,500명이다.
플루고이아니아 U23의 유명 선수로는 루이스 아드리아노, 베르나르두, 알렉스 테이셰이라, 페르난도 세자르, 조나탄 우르레타비스카이아 등이 있다.
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